Latar belakang berdirinya PONDOK PESANTREN AINUL YAQIN UNISMA MALANG ini merupakan jawaban dan solusi dari mahasiswa yang menginginkan kuliah namun disertai dengan menambah pendalaman ilmu agama yang berhaluan Islam Ahlussunnah Wal Jamaah an-Nahdliyyah. Berkaitan dengan keberadaan Unisma sebagai lembaga pendidikan bercitrakan Islam yang mempunyai tugas dan tanggung jawab ganda.
Unisma sebagai lembaga pendidikan bertanggung jawab mendidik dan membina mahasiswa menjadi ilmuwan yang mumpuni di bidangnya. Upaya ini diwujudkan dengan mendirikan berbagai fakultas seperti Fakultas Agama Islam (FAI), Fakultas Ekonomi, Teknik, Hukum, Peternakan, Pertanian, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Ilmu Administrasi, MIPA dan Beologi, Politeknik serta Fakultas Kedokteran. Dalam rangka menguatkan tugas dan tanggung jawab Universitas Islam tersebut di atas, maka didirikan Pesanten Kampus AINUL YAQIN Universitas Islam Malang (PKAY Unisma) dengan visi “Pesantren yang mempunyai keunggulan dalam memadukan intelektualitas dan spiritualitas demi kemaslahatan hidup masa kini dan masa depan”. Pesantren Ainul Yaqin terdiri dari tiga program :
- I’dad (1 Tahun) Kelas Idad
- Kader Ulama’ (KDU) Kader Ulama ( KDU )
- Tahfidzul Quran (TQ) Tahfidzul Quran